探索蛋白质结构的新视角:PROTLOCA方法的突破与应用
摘要
本文由上海交通大学和密歇根大学的研究人员共同撰写,探讨了蛋白质表示学习中序列信息嵌入的必要性及其对性能的影响。论文通过结构对齐任务发现,在某些情况下,嵌入氨基酸类型可能不会帮助深度学习模型学习更好的表示。为此,研究团队提出了PROTLOCA,一种仅基于氨基酸结构表示的局部几何对齐方法。该方法在全局结构匹配任务中,通过使用CATH标签的独立测试数据集,证明了其比现有的基于序列和结构的表示学习方法更快更准确地匹配结构一致的蛋白质域。此外,在局部结构配对任务中,PROTLOCA首次提供了一种有效解决方案,突出显示具有不同整体结构但具有相同功能的蛋白质之间的共同局部结构。这为使用深度学习方法分析蛋白质结构以推断功能提供了新的可能性。
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